Plateforme
Epinomics
Épigénomique et Transcriptomique
Présentation
L’analyse de l’épigénome permet de déchiffrer la régulation dynamique de l’expression des gènes. La plateforme Epinomics offre une expertise en épigénomique et en transcriptomique à la communauté scientifique académique ou industrielle, appliquée à la recherche fondamentale, translationnelle et clinique.
Epinomics propose des technologies omiques pour l’étude de l’épigénome sur populations cellulaires (ATAC-Seq, CUT&Tag, CUT&RUN).
La plateforme met également en place des analyses en cellule unique du transcriptome (3’ et 5’ single cell RNA-Seq) et de l’accessibilité de la chromatine (single cell ATAC-Seq) en utilisant la technologie 10x Genomics (à partir de 2026). Ces approches innovantes permettent d’explorer l’hétérogénéité cellulaire, de s’intéresser à des populations cellulaires rares, ou encore d’étudier la différentiation cellulaire.
Epinomics met à disposition son expertise dans l’analyse bioinformatique et statistique de données omiques (RNA-Seq, ATAC, CUT&Tag, CUT&RUN, ChIP-Seq, méthylation de l’ADN, Hi-C, etc.). Epinomics assure par ailleurs la gestion complète des données de recherche, de leur production jusqu’à leur archivage, dans le respect des bonnes pratiques de la science ouverte, en vue de leur valorisation et de leur référencement dans les publications scientifiques.
En articulant de manière étroite les volets expérimentaux (wet) et bioinformatiques (dry), Epinomics propose une offre intégrée couvrant l’ensemble du processus de caractérisation de la chromatine et de l’activité transcriptomique, depuis la préparation des échantillons jusqu’à l’analyse et l’interprétation des données. La plateforme reste également ouverte aux développements de nouvelles technologies, en populations comme en cellule unique, pour répondre aux besoins émergents.
Responsables
Eve MOUTAUX
Responsable Technique Epigénomique et Single Cell
Florent CHUFFART
Inserm / IR, Responsable Technique Bioinformatique
Pôles d'expertises
La conformation de la chromatine et les modifications chimiques associées aux histones régulent l’accessibilité de l’ADN dans le noyaux et l’expression des gènes. Epinomics propose des techniques pour déchiffrer ces mécanismes de régulations dans des tissus sains comme pathologiques :
• ATAC-Seq : Accessibilité de la chromatine
• CUT&Tag : Modifications post-traductionnelles des histones
• CUT&RUN : Modifications post-traductionnelles des histones ou des protéines associées à l’ADN
Epinomics met en place la technologie 10X Genomics pour l’analyse du transcriptome et de l’épigénome en cellule unique à haut débit :
• Single cell RNA-Seq : 3’ expression, 5’ expression, FLEX
• Single cell épigénomique : ATAC-Seq, Multi-ome
Epinomics développe également des techniques omiques en plaque pour l’analyse sensible de cellules rares. De nouvelles techniques de single cell peuvent être développées en collaboration et adaptées aux besoins scientifiques. Contactez-nous pour en discuter !
Epinomics développe une expertise ainsi que des outils dédiés à la gestion, au traitement bioinformatique et à l’analyse statistique des données omiques, notamment dans les domaines transcriptomique et épigénomique (RNA-Seq, ATAC-Seq, CUT&Tag, CUT&RUN, ChIP-Seq, méthylation, Hi-C).
La plateforme s’appuie sur l’infrastructure de calcul scientifique du mésocentre CIMENT/GRICAD, sur des entrepôts de données spécialisés, et inscrit ses actions dans le respect des principes de la science ouverte.
Epinomics a pour mission de transmettre une expertise en épigénomique. La plateforme propose du conseil sur le choix des techniques à utiliser pour répondre à une question scientifique.
Epinomics accompagne les équipes de recherche via des ressources pédagogiques et un appui à l’utilisation des outils bioinformatiques et des infrastructures de calcul. Elle contribue aux enseignements en intelligence artificielle, modélisation et statistique à l’université (UGA), pour le CNRS et en interne à l’IAB.