Plateforme
EpiMed
Epigénétique médicale et bioinformatique
Présentation
L’activité de la plateforme EpiMed vise l’interconnexion entre la recherche fondamentale dans le domaine de l’épigénétique et la recherche translationnelle médicale, en particulier, dans le domaine du cancer et des maladies chroniques. Son expertise se repose sur le développement des approches bioinformatiques et de machine learning pour analyser de grands volumes de données moléculaires, telles que les données dites omiques (données d’expression de gènes issues du séquençage haut débit, données single cell, données de méthylation, protéome, ChIP-Seq, etc.), dans le but de répondre à des questions scientifiques concrètes des médecins et des chercheurs.
Le groupe EpiMed réunit des experts en bioinformatique, des biologistes et des médecins. Il a développé de nombreuses collaborations à l’échelle nationale et internationale, par exemple, avec des équipes biomédicales du CHU de Grenoble (France) et de l'hôpital Ruijin de Shanghai (Chine). EpiMed pilote plusieurs projets de recherche consacrés à la découverte de nouveaux biomarqueurs pronostiques dans les cancers, à l’exploration de la signification fonctionnelle des modifications d’histones et à la compréhension des liens entre les dérégulations épigénétiques, le métabolisme et le cancer.
Responsables
Saadi KHOCHBIN
Chef d’équipe, Responsable plateforme
Sophie ROUSSEAUX-PISON
Responsable plateforme, Inserm / DR2
Pôles d'expertises
Le groupe EpiMed mène des projets de recherche qui visent à identifier de nouveaux biomarqueurs pronostiques dans différents types de cancers. Cet axe explore le phénomène d’expressions hors-contexte de gènes spécifiques de tissus qui représente une source inédite de biomarqueurs potentiels. Dans cet objectif, EpiMed développe des approches innovantes en machine learning qui permettent de définir les biomarqueurs robustes, efficaces et reproductibles dans un grand nombre de cohortes.
Cet axe de recherche d’EpiMed consiste à explorer par des approches in silico le lien entre le métabolisme et les régulations épigénétiques, et le rôle de ce lien dans le processus oncogénique.
EpiMed développe des outils bioinformatiques et biostatistiques d’analyse de données omiques dédiés aux projets de recherche (epimedtools, ectopy). EpiMed conçoit également des systèmes d’information qui permettent la gestion des données génomiques et biocliniques, ainsi que des bases de données interopérables (EpiMed Database).
EpiMed contribue aux enseignements en statistiques et en intelligence artificielle à l’Université Grenoble Alpes et en interne à l’IAB. Certains cours sont également disponibles au grand public (EpiMed Open Course).
Nos publications majeures
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