Équipe
ARN, Épigénétique & Stress

Dpt: Signalisation et Chromatine

Nos activités de recherche

Régulation du génome par la (l’hétéro)chromatine et l’ARN.

Dans notre équipe, nous cherchons à comprendre les mécanismes associés à la chromatine qui contrôlent l'intégrité du génome et l'expression des gènes chez les eucaryotes, avec un intérêt particulier pour le rôle et le mode d'action des ARN régulateurs.

Nous nous concentrons sur deux processus cellulaires fondamentaux en tant que systèmes modèles : - le processus de formation et de maintien de l'hétérochromatine, qui est essentiel pour la ségrégation des chromosomes, la défense du génome et l'identité cellulaire, - le processus de reprogrammation de l'expression du génome (dont les régions d'hétérochromatine) en réponse à un stress environnemental ou métabolique, qui est lui essentiel pour l'adaptation et la survie de la cellule. Ces deux processus sont largement conservés chez les eucaryotes et partagent un ensemble commun de régulations impliquant la chromatine et l'ARN.

Nous explorons ces processus chez la levure fissipare Schizosaccharomyces pombe et chez l'Homme. Nos études combinent des approches centrées sur la chromatine et l'ARN avec des approches innovantes en protéomique, la génétique moléculaire puissante de la levure, l’édition CRISPR du génome des cellules humaines, les techniques de séquençage à l'échelle du génome et du transcriptome, et la microscopie à fluorescence de pointe. Cette recherche a le potentiel de fournir des informations générales sur quand, où et comment la chromatine et les molécules d'ARN associées à la chromatine contrôlent la stabilité du génome et l'expression des gènes, fournissant ainsi des informations précieuses sur des mécanismes fascinants dans les domaines de la biologie de l'ARN et de la chromatine, et sur la manière dont leur dérégulation peut être liée au cancer et à d'autres maladies.

André VERDEL

André VERDEL

Chef d'équipe, Responsable scientifique

04 76 54 94 46

Nos axes de recherche

En utilisant la levure à fission Schizosaccharomyces pombe (S. pombe) et des lignées cellulaires humaines comme systèmes modèles éloignés sur le plan évolutif, nous étudions le rôle et la régulation des ARN non codants (ARNnc) et de la transcription qui les produit dans le contexte de l'hétérochromatine péricentromérique.

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En nous concentrant sur deux membres de la famille conservée des protéines de liaison à l'ARN possédant un domaine YTH et sur la réponse de la cellule à divers stress, nous étudions le rôle des transcrits (ARNnc et ARNm) agissant dans l'environnement de la chromatine et leur méthylation sur l’Adénosine (m6A, qui est reconnue spécifiquement par les protéines YTH) pour contrôler l'expression génique.

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Dans notre équipe, nous utilisons et développons des technologies innovantes basées sur l'ARN pour l'édition du génome et pour la purification et la caractérisation des protéines.

Nos publications majeures

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Protocol to study the role of a human nuclear m6A RNA reader on chromatin-associated RNA targets

Seigneurin-Berny D#, Touat-Todeschini L, Timcheva K, Verdel A#

STAR Protocols 2023 # Co-corresponding authors

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Chromatin-associated YTHDC1 coordinates heat-induced reprogramming of gene expression

Timcheva K, Dufour S, Touat-Todeschini L, Burnard C, Carpentier MC, Chuffart F, Merret R, Helsmoortel…

Cell Rep. 2022 Dec 13;41(11):111784. doi: 10.1016/j.celrep.2022.111784.PMID: 36516773 # Co-corresponding authors

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HSF1-Activated Non-Coding Stress Response: Satellite lncRNAs and Beyond, an Emerging Story with a Complex Scenario

Vourc'h C#, Dufour S, Timcheva K, Seigneurin-Berny D, Verdel A#

Genes (Basel) 2022 Mar 27;13(4):597. doi:10.3390/genes13040597.PMID: 35456403 # Co-corresponding authors

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Structural analysis of Red1 as a conserved scaffold of the RNA-targeting MTREC/PAXT complex

Foucher AE, Touat-Todeschini L, Juarez-Martinez AB, Rakitch A, Laroussi H, Karczewski C, Acajjaoui S, Soler-López…

Nat Commun 2022 Aug 24;13(1):4969. doi: 10.1038/s41467-022-32542-3.PMID: 36002457 # Co-corresponding authors

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ATAD2 controls chromatin-bound HIRA turnover

Wang T, Perazza D, Boussouar F, Cattaneo M, Bougdour A, Chuffart F, Barral S, Vargas…

Life Sci Alliance 2021 Sep 27;4(12):e202101151. doi:10.26508/lsa.202101151. Print 2021 Dec.PMID: 34580178 # Co-corresponding authors

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Chromosome Y pericentric heterochromatin is a primary target of HSF1 in male cells

Penin J, Dufour S, Faure V, Fritah S, Seigneurin-Berny D, Col E, Verdel A#, Vourc'h C#

Chromosoma 2021 Mar;130(1):53-60. doi: 10.1007/s00412-021-00751-2.PMID: 33547955 # Co-corresponding authors

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Bromodomain factors of BET family are new essential actors of pericentric heterochromatin transcriptional activation in response to heat shock

Col E, Hoghoughi N, Dufour S, Penin J, Koskas S, Faure V, Ouzounova M, Hernandez-Vargash…

Sci Rep. 2017 Jul 14;7(1):5418. doi: 10.1038/s41598-017-05343-8.PMID: 28710461

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Heat shock factor 1 promotes TERRA transcription and telomere protection upon heat stress

Koskas S, Decottignies A, Dufour S, Pezet M, Verdel A, Vourc'h C, Faure V.

Nucleic Acids Res. 2017 Jun 20;45(11):6321-6333. doi: 10.1093/nar/gkx208.PMID: 28369628

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Selective termination of lncRNA transcription promotes heterochromatin silencing and cell differentiation

Touat-Todeschini L, Shichino Y, Dangin M, Thierry-Mieg N, Gilquin B, Hiriart E, Sachidanandam R, Lambert…

EMBO J. 2017 2017 Sep 1;36(17):2626-2641. doi: 10.15252/embj.201796571.PMID: 28765164

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Mmi1 RNA surveillance machinery directs RNAi complex RITS to specific meiotic genes in fission yeast

Hiriart E, Vavasseur A, Touat-Todeschini L, Yamashita A, Gilquin B, Lambert E, Perot J, Shichino…

EMBO J. 2012 May 16;31(10):2296-308. doi: 10.1038/emboj.2012.105.PMID: 22522705 

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Nos activités en images

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